To zasługujące na ochronę pozostałości ekosystemów mających znaczenie dla zachowania różnorodności biologicznej – naturalne zbiorniki wodne, śródpolne i śródleśne oczka wodna, kępy drzew i krzewów, bagna, torfowiska, wydmy, płaty nieużytkowanej roślinności, starorzecza, wychodnie skalne, skarpy, kamieńce, siedliska przyrodnicze oraz stanowiska rzadkich lub chronionych gatunków roślin, zwierząt i grzybów, ich ostoje oraz miejsca rozmnażania lub miejsca sezonowego przebywania.
Są jedną z najczęściej występujących form ochrony przyrody na terenie Parku. Pod względem siedliskowym przeważają torfowiska przejściowe oraz łąki na torfach.
Dotychczas zatwierdzone użytki ekologiczne to:
- Żabińskich Błoto [Żôbinsczich Błoto] - śródleśne oczko wodne z płem mszarnym
- Wesków Bagna [Wësków Bagna] - śródleśne oczko wodne
- Grzybowski Młyn – śródleśne torfowisko
- Tucholskie Mszary – torfowisko przejściowe
- Kotel – kompleks łąk i torfowisk
- Zabrody – torfowisko przejściowe
- Torfowisko Szenajda – torfowisko
- Kiszewskie Bagno – torfowisko przejściowe
- Modrzewiowy Mszar – torfowisko wysokie
- Żurawinowe Bagno — torfowisko wysokie
- Torfowisko nad jeziorem Gołuń — torfowisko przejściowe i wysokie
- Wełniankowe Mszary — torfowisko przejściowe
- Czyste – torfowisko wysokie
- Przerębska Huta [Przerębska Ëta] – kompleks łąk, torfowisk i olsów
- Meszonko [Mëszonko] – torfowisko
- Zdradzonko – śródleśne oczko wodne wraz z przylegającym torfowiskiem
- Kołpiny [Kôpiny] - łąki wokół torfowiska Głuchy Bór
- Łąki na Rowie — torfowiska i łąki
- Jezioro Drzędno — jezioro lobeliowe
