Obejmują obszary zachowane w stanie naturalnym lub mało zmienionym, ekosystemy, ostoje i siedliska przyrodnicze, a także siedliska roślin, siedliska zwierząt i siedliska grzybów oraz twory i składniki przyrody nieożywionej, wyróżniające się szczególnymi wartościami przyrodniczymi, naukowymi, kulturowymi lub walorami krajobrazowymi.
Na terenie Parku istnieje jak dotąd jeden rezerwat przyrody „KRWAWE DOŁY”. Został utworzony Zarządzeniem MOŚZN i L z dn. 12.11.1996. Jest rezerwatem florystyczno-leśnym o powierzchni 13,02 ha. Celem jego ochrony jest zachowanie charakterystycznych dla Borów Tucholskich zbiorowisk leśnych z rzadkimi chronionymi roślinami i porostami. Znajduje się on w nadleśnictwie Kościerzyna Obręb Bąk pododdział 572b. Ma kształt wąskiego trójkąta prostokątnego, którego krótszymi bokami są linie oddziałowe, a przeciwprostokątną jest droga. Zajmuje około połowy oddziału. Obejmuje fragment lasu z siedliskami borów świeżych i borów suchych porośnięty ok. 100-letnim drzewostanem sosnowym o dość luźnym zwarciu. W warstwie krzewów dominują naloty sosny i świerka. W runie często spotkać można śmiałka pogiętego, wrzos, borówkę czernicę, młode siewki sosny. Rośnie tu również pasożytnicza roślina korzeniówka pospolita. Wśród obfitej warstwy mszystej, składającej się głównie z mchów borowych licznie rosną różne gatunki porostów.
Stwierdzono występowanie ok. 21 gatunków roślin naczyniowych 12 gatunków mszaków oraz aż 48 gatunki porostów. Wśród porostów aż 18 taksonów jest objętych ścisłą ochroną prawną, z czego 5 jest z rodzaju chrobotka, 3 brodaczki, 3 płucnice, 2 płaskotki oraz po 1 mąkliku, mąkli, pustułce, różyczce i włostce.
Od północnego-zachodu i od południowego-wschodu sąsiaduje z podobnymi starodrzewami sosnowymi, od południowego-zachodu przylega 60. letnia sośnina.
Proponowane rezerwaty przyrody to między innymi:
"DOLINA KRUGLIŃCA"
Planowany rezerwat obejmuje przełomowy odcinek Wdy od Kruglińca do leśniczówki Płocice wraz z przyległymi stokami z drzewostanami sosnowymi w wieku ponad 140 lat, istotny dla zachowania tarlisk troci jeziorowej. Ponadto obszar ten obejmuje siedliska rozrodcze trzepli zielonej, kozy pospolitej, różanki, zimorodka i pliszki górskiej. Kompleks starych drzewostanów to siedliska ważne dla sów (sóweczki, włochatki, puszczyka) oraz gatunków dziuplaków (w tym: dzięcioła czarnego i siniaka). Projektowany rezerwat stanowi najcenniejszy fragment proponowanego w poprzednim planie ochrony rezerwatu Doliny Wdy i Trzebiochy.
"DOLINA TRZEBIOCHY"
Fragment doliny Trzebiochy poniżej pstrągarni w Grzybowskim Młynie, sięgający aż do ujścia w korycie Wdy. Głównym walorem faunistycznym wskazanego odcinka Trzebiochy jest troć jeziorowa. Ponadto obszar ten obejmuje siedliska rozrodcze kozy pospolitej, różanki i miętusa. Wskazany obecnie obszar proponowanego rezerwatu także dla awifauny stanowi żerowisko i miejsce odpoczynku oraz potencjalne siedlisko lęgowe m.in. zimorodka, pliszki górskiej, nurogęsi i gągoła. W celu zachowania ciągłości przestrzennej obszaru rezerwatu oraz zwiększenia realnych możliwości jego ochrony, włączono do propozycji także najbardziej zróżnicowane i wartościowe przyrodniczo oraz krajobrazowo fragmenty doliny rzecznej.
"LIPNO"
Planowany rezerwat obejmuje położone w zagłębieniu wytopiskowym jeziora Lipno i Lipionko wraz z sąsiadującymi torfowiskami i starymi drzewostanami sosnowymi powyżej 120 lat. Projektowany rezerwat stanowi ostoję ptaków wodno-błotnych (w tym miejsce zlotowisk żurawi); w jego granicach znajdują się również żerowiska nietoperzy oraz stanowiska chronionych gatunków ważek (miejsce to wskazywane było jako siedlisko zalotki białoczelnej, zalotki większej, straszki syberyjskiej (północnej) i żagnicy torfowcowej.) Kolejnym walorem obiektu są stanowiska chronionych i zagrożonych gatunków roślin torfowiskowych.Obiekt stanowi część postulowanego w poprzednim planie ochrony rezerwatu Lipno i Lipionko. Ze względu na skomplikowane stosunki własnościowe obecnie wyłączono z rezerwatu część południową, obejmującą młody bór bagienny.
"MOTOWĘŻE"
Rezerwat proponowany do utworzenia również w poprzednim planie ochrony. Obejmuje część rynny polodowcowej z bezodpływowymi zagłębieniami wytopiskowymi. W nieckach wytopiskowych rozwinęły się niewielkie zbiorniki wodne, a na ich obrzeżach oraz w pozostałych częściach rynny – torfowiska przejściowe i wysokie (siedliska przyrodnicze 7110 i 7140), a miejscami płaty boru bagiennego (91D0). Kompleks torfowiskowy otoczony jest przez suche i świeże postaci borów sosnowych. Głównymi walorami proponowanego rezerwatu są dobrze zachowane fitocenozy mszarne z klas Oxycocco-Sphagnetea i Scheuchzerio-Caricetea nigrae z cenną florą torfowiskową. Występują tu m. in. rosiczki – okrągłolistna Drosera rotundifolia i długolistna Drosera anglica, turzyca bagienna Carex limosa, bagnica torfowa Scheuchzeria palustris, modrzewnica zwyczajna Andromeda polifiolia, widłak goździsty Lycopodium clavatum oraz kilka gatunków torfowców – w tym coraz rzadsze na Pomorzu Sphagnum fuscum i Sphagnum papillosum. Kompleks torfowisk stanowi również siedlisko chronionych gatunków ważek: iglicy małej, miedziopiersi północnej oraz zalotki większej.
"JEZIORO WIELKIE OCZKO"
Dobrze zachowane jezioro lobeliowe ze stanowiskami lobelii jeziornej oraz elismy wodnej.
„JEZIORO GŁĘBOCZKO”
Dobrze zachowane jezioro lobeliowe ze stanowiskami lobelii jeziornej, poryblinu jeziornego oraz elismy wodnej. Poza tymi gatunkami występuje tu szereg cennych roślin tj.: widłaczek torfowy, wywłócznik skrętoległy.
