Europejska Sieć Ekologiczna Natura 2000 jest systemem ochrony zagrożonych składników różnorodności biologicznej kontynentu europejskiego. Celem utworzenia sieci Natura 2000 jest zachowanie zarówno zagrożonych wyginięciem siedlisk przyrodniczych oraz gatunków roślin i zwierząt w skali Europy, ale też typowych, wciąż jeszcze powszechnie występujących siedlisk przyrodniczych, charakterystycznych dla 9 regionów biogeograficznych.
Sieć Natura 2000 tworzą dwa typy obszarów:
- Obszary Specjalnej Ochrony ptaków (OSO)
- Specjalne Obszary Ochrony siedlisk (SOO)
Oba te typy występują na terenie Wdzydzkiego Parku Krajobrazowego.
Pierwszy z nich to SOO siedlisk Jeziora Wdzydzkie [PLH220034], pokrywający około 80% powierzchni parku oraz Młosino - Lubnia [PLH220077], którego fragment zajmuje niewielki obszar południowej części Parku i otuliny w okolicach Wiela. Obejmuja one ochroną siedliska takie jak np. jeziora lobeliowe i dystroficzne, mechowiska, torfowiska przejściowe i wysokie, łąki wilgotne, murawy napiaskowe czy bór bagienny, w których występują następujące chronione gatunki roślin i zwierząt:
- Rośliny: skalnica torfowiskowa, elisma wodna, lipiennik Loesela
- Ryby: różanka, koza, strzebla błotna
- Płazy: traszka grzebieniasta, kumak nizinny
- Ssaki: nocek łydkowłosy, bóbr europejski, wydra.
Drugi obszar to OSO ptaków Bory Tucholskie [PLB220009]. Objął on cały teren Parku i chroni następujące gatunki ptaków w nim występujących: szlachar, bąk, czapla biała, bocian biały, łabędź krzykliwy, bielik, błotniak stawowy, dzięcioł czarny, lelek, lerka, muchówka mała, puchacz, włochatka, zimorodek, żuraw, nur rdzawoszyi, nur czarnoszyi, kania ruda, derkacz.
