To zasługujące na ochronę pozostałości ekosystemów mających znaczenie dla zachowania różnorodności biologicznej – naturalne zbiorniki wodne, śródpolne i śródleśne oczka wodna, kępy drzew i krzewów, bagna, torfowiska, wydmy, płaty nieużytkowanej roślinności, starorzecza, wychodnie skalne, skarpy, kamieńce, siedliska przyrodnicze oraz stanowiska rzadkich lub chronionych gatunków roślin, zwierząt i grzybów, ich ostoje oraz miejsca rozmnażania lub miejsca sezonowego przebywania.
Są jedną z najczęściej występujących form ochrony przyrody na terenie Parku. Pod względem siedliskowym przeważają torfowiska przejściowe oraz łąki na torfach.
Dotychczas zatwierdzone użytki ekologiczne to:
1. Żabińskich Błoto [Żôbinsczich Błoto] - śródleśne oczko wodne z płem mszarnym
2. Wesków Bagna [Wësków Bagna] - śródleśne oczko wodne
3. Grzybowski Młyn – śródleśne torfowisko
4. Tucholskie Mszary – torfowisko przejściowe
5. Kotel – kompleks łąk i torfowisk
6. Zabrody – torfowisko przejściowe
7. Torfowisko Szenajda – torfowisko
8. Kiszewskie Bagno – torfowisko przejściowe
9. Modrzewiowy Mszar – torfowisko wysokie
10. Żurawinowe Bagno - torfowisko wysokie
11. Torfowisko nad jeziorem Gołuń - torfowisko przejściowe i wysokie
12. Wełniankowe Mszary - torfowisko przejściowe
13. Czyste – torfowisko wysokie
14. Przerębska Huta [Przerębska Ëta] – kompleks łąk, torfowisk i olsów
15. Meszonko [Mëszonko] – torfowisko
16. Zdradzonko – śródleśne oczko wodne wraz z przylegającym torfowiskiem
17. Kołpiny [Kôpiny] - łąki wokół torfowiska Głuchy Bór
18. Łąki na Rowie - torfowiska i łąki
19. Jezioro Drzędno - jezioro lobeliowe